Projeto Integrado de Genômica Aplicada ao Theobroma grandiflorum (Cupuaçu) e Platonia insignis (Bacuri): Potencializando a Bioeconomia Amazônica por meio da Diversidade Genética e Inovação Tecnológica.

Resumo: O avanço acelerado na genômica vegetal, impulsionado pela significativa redução de custos no no sequenciamento de nova geração (NGS) e pelo surgimento de tecnologias de ponta como PacBio HiFi, ONT ultralong e Hi-C, permitiu a obtenção de leituras de DNA longas e de alta precisão. A partir dessas tecnologias, foram desenvolvidas montagens de genomas completos, telômero-a-telômero (T2T), e a construção de pangenomas abrangentes, revolucionando a compreensão da arquitetura genética das plantas. Apesar dos avanços gerais na genômica vegetal, o bacurizeiro é uma espécie "sistematicamente negligenciada". Embora o bacurizeiro seja um fruto de elevado valor econômico, com a polpa alcançando até 3,5 vezes o preço do cupuaçu. e embora já existam "clones-elite" com características agronômicas superiores (alto rendimento de polpa, precocidade de frutificação), o problema central reside na lacuna de recursos genômicos avançados para a espécie. Isso é particularmente crítico, pois o bacurizeiro possui um ciclo produtivo longo e um genoma complexo, o que dificulta a aceleração do seu melhoramento genético. Essa deficiência compromete o desenvolvimento econômico da bioeconomia amazônica e a soberania científica do Brasil na pesquisa e aplicação da biodiversidade local. A questão específica a ser investigada foca na geração do primeiro genoma de referência telômero-a-telômero (T2T) da família Clusiaceae para Platonia insignis, na construção de um pangenoma multiclone, e na identificação de genes sob seleção positiva e marcadores moleculares associados a traços agronômicos. A resolução dessa questão será alcançada por meio da combinação de tecnologias de sequenciamento de ponta (PacBio HiFi, ONT ultralong e Hi-C) para a montagem de um genoma de referência T2T de alta qualidade e a subsequente construção de um pangenoma multiclone do bacurizeiro. Esse framework analítico possibilitará a dissecação da evolução e estrutura de famílias gênicas, a identificação de genes sob seleção positiva e o mapeamento de variantes estruturais e SNPs correlacionadas às características de interesse agronômico, culminando na definição de marcadores moleculares para seleção assistida.