Measuring biodiversity dynamics using environmental DNA and metabarcoding: establishing baselines and monitoring recovery in affected ecosystems

A recuperação de informações sobre biodiversidade a partir de amostras metagenômicas varia consideravelmente com base nos diferentes tipos de amostras usadas para obter os dados. O DNA ambiental (eDNA) pode ser obtido de diferentes substratos, filtrando a água ou preservando sedimentos e amostras de solo. As amostras de dieta (conteúdo estomacal, fezes etc.) podem ser analisadas para determinar as relações tróficas nas teias alimentares, a sobreposição alimentar entre as espécies e fornecer um resumo das potenciais presas de espécies no ambiente. Finalmente, amostras mistas, bulk-samples, podem ser usadas para avaliar rapidamente a diversidade de espécies coletadas usando uma metodologia específica. O valor de usar um ou outro tipo de amostra para avaliar a biodiversidade é, portanto, uma questão importante que deve ser questionada se tais técnicas devem ser padronizadas para monitorar a biodiversidade a longo prazo. No entanto, o tipo de amostra metagenômica mais apropriado a ser usado pode variar dependendo das questões ecológicas abordadas. Sabe-se que o eDNA se degrada mais rapidamente sob condições ácidas do que alcalinas, e outros fatores podem influenciar esses e outros tipos de amostras. Espera-se que temperaturas mais altas, umidade e insolação aumentem as taxas de degradação, portanto pode haver variação considerável nos resultados de amostras obtidas pela mesma técnica de coleta dependendo do histórico da amostra antes da coleta (por exemplo, tempo de defecação das fezes, hora do dia amostras, padrões recentes de precipitação).